Trường tiểu học Yamato đột nhiên bị dịch chuyển tới một nơi kì lạ, bao quanh bởi sa mạc mênh mông cùng những loài sinh vật kì bí. Sho Takamatsu cũng là một nạn nhân của sự kiện đó, cậu cùng các bạn mình nhanh chóng nhận ra bản thân đã bị dịch chuyển đến tương lai, nơi trái đất đã gần như hoàn toàn bị hủy hoại. Giờ đây, các học sinh trong trường phải đoàn kết để tìm cách quay về thế giới cũ, đồng thời vật lộn để sinh tồn trong chốn địa ngục trần gian này.
The Drifting Classroom là câu chuyện được thuật lại dựa trên cuốn nhật kí của Sho Takamatsu – cậu học sinh mắc kẹt trong trường, đồng thời là nhân vật chính – dành cho mẹ mình. Trước khi biến cố xảy ra, nhân vật Sho được xây dựng như một cậu bé tốt bụng, hiếu thảo qua việc cậu chọn mua chiếc đồng hồ tặng mẹ thay vì món đồ chơi mình yêu thích (dù chiếc đồng hồ ấy đã bị cán nát khi bị đánh rơi), tuy nhiên vẫn còn phần ngỗ nghịch của một đứa trẻ khi hỗn hào với mẹ chỉ vì mấy viên bi nhỏ nhặt, nhưng đâu ngờ rằng, đó là lần cuối cùng cậu gặp mẹ mình. Điều ấy khiến cậu ân hận mãi sau này và cũng là lí do xuyên suốt bộ truyện đã thúc đẩy cậu sinh tồn và tìm cách trở về nhà..